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第51章 初入實驗室

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翌日

江城大學生物實驗樓三樓,走廊裏瀰漫着淡淡的消毒水氣味。

胡彪站在“複雜疾病非編碼RNA功能演化數據分析室”門口,輕輕叩了叩敞開的門。

數據分析室很大,被劃分成幾個區域,靠牆是一排排閃爍着各色指示燈的測序儀和高性能計算服務器;中間是幾張長實驗臺,擺放着離心機、PCR儀等設備;最裏面則是一個小型會議區,白板上寫滿了複雜的公式和通路圖。

四個人正圍在會議區討論着什麼,聽到敲門聲,齊齊轉過頭來。

“請問,哪位是秦語師姐?沈院長讓我來這裏……”胡彪開口。

“你就是胡彪吧?”四人中一名漂亮女生站起身,她看起來二十五六歲,扎着乾淨利落的馬尾,面容清秀,穿着白大褂,裏面是簡單的米色針織衫,“我是秦語,沈老師昨天已經和我們說過了,歡迎加入分析組。”

一個戴着黑框眼鏡、頭髮略顯凌亂的男生也反應過來,他約莫二十七八歲,身材瘦高,穿着格子襯衫和牛仔褲,也站了起來,對着胡彪笑道,“我是陳浩然,也是沈老師的博士生。主要做生物信息學分析,特別是序列比對和功能預測這塊。”

另一個男生看起來年紀稍大,約莫三十出頭,身材微胖,穿着深藍色POLO衫,笑容溫和:“周明遠,博士後,負責課題的整體數據整合和項目管理。咱們這個項目是江城大學和瑞康製藥的校企合作項目。”

最後一位女性看起來最爲成熟,約莫三十四五歲,穿着剪裁得體的深灰色西裝套裙,氣質幹練:“我是李薇,瑞康製藥生物信息部的高級研究員,負責將課題組的研究發現與公司的藥物靶點篩選工作對接。”

胡彪微笑着一一問好,心裏對這數據分析室有了初步的認知,秦語負責上遊實驗生成數據,陳浩然負責核心分析,周明遠統籌協調,李薇則代表資方並利用資言的資源認證。

“胡彪學弟,你的那篇論文我昨天連夜看完了,正好今天準備驗證一下,你就來了,實在是太好了。對了,你確定你現在是大一?!”陳浩然半開玩笑的道,

胡彪無奈一笑。

實驗室其他幾人也都笑了起來,笑完之後,便是有些尷尬的沉默。

都是理工狗,年紀都不小了,但社交能力進步不大。

“好了,一個個的別和小學弟開玩笑了,陳浩然,你帶學弟熟悉一下實驗室,介紹一下我們的工作,正好,師弟不是擅長數據解構分析嗎?正好讓他分擔一下你那塊的工作,這也是老師的意思。”秦語開口道,年紀最輕的她是數據分析室裏的話事人。

“好!”對此,陳浩然也沒什麼不滿,反而很高興,數據分析這種事情,真的是很麻煩,有一個人來幫他分析工作,他高興還來不及呢。

“其實我們這個實驗室只是課題組的一部分,主要承擔的工作就是數據分析對比……”陳浩然帶着胡彪在實驗室轉了一圈,最後來到自己的工位旁,指着旁邊的空位道,“數據分析室不大,但我們人也少,這幾個工位置你隨便選。”

謝謝!

胡彪道了聲謝,選了一個空座位放下了書包,整理好東西,打開電腦。

“師弟,給個郵箱,我把需要分析的數據和需求發給你,有什麼不懂的就來問我。”

“好!”胡彪點了點頭,把自己的郵箱報了出來,接收了數據,然後認真的看了起來。

他一個剛剛插隊進入分析的大一新生,第一天進組能幹什麼?

當然是先熟悉分析室的情況嘍。

就這麼看了半小時,秦語突然推着一個白板走到了實驗室的中心,然後拍了拍手。

“好了,大家都過來吧,對照組那邊剛剛發來一組數據,需要分析,要的很急,大家都來看看!”

秦語一邊說,一邊拿着筆在白板上寫着,不多時,小白板上就佈滿了符文一般的數學符號和數據,“這是一組與神經退行性疾病相關的長鏈非編碼RNA序列。這些序列在不同物種間保守性極低,但臨牀數據又強烈提示它們可能在疾病發生中起調控作用。”

“問題在於,”秦語指着白板上的一串序列比對圖,“用傳統的Clustal Omega、MAFFT這些工具比對,結果簡直一團糟。高變區域完全無法對齊,更別提識別可能的功能模塊了。”

這時,李薇適時補充道:“公司那邊希望能在年底前鎖定幾個有潛力的靶點進入初步篩選。如果序列比對這關都過不了,後續的保守性分析、二級結構預測、互作網絡構建全都無從談起。”

陳浩然看着白板上的內容,眉頭微微一挑,轉頭對胡彪道,“師弟,你看看這幾組序列,適不適用你提出的多序列對比算法,我記得你的論文裏有相關的內容。”

“呃,這個……”

“讓讓,都讓讓,讓我們的小師弟裝個逼!”

一邊的周明揚叫了起來,一臉興奮的模樣。

胡彪有些懵,看着白板上有如天書一般雜亂無章的序列,扯了扯嘴角,“裝逼,裝個鬼啊,我才大一,你覺得這東西是我能裝的嗎?這種序列,光是建模就要好幾天……”

“浩然,你怎麼看?”

陳浩然搖了搖頭,“這些序列長度差異很大,又不能隨意修剪,因爲我們不知道修剪閾值,這裏面的度很難把握。剪多了怕丟失功能區域,剪少了又解決不了根本問題,師弟,我不是開玩笑,你的多序列對比算法可能會有幫助,不過,對你的那個算法我還沒有喫透,有些地方,還需要你幫忙。”

“浩然,看來你是有思路了?”秦語似乎看出了點什麼,問道。

“也不能算是思路吧。”陳浩然站起來,走到白板前,拿起記號筆,在白板空白處畫了起來,“算是受到師弟那篇論文的啓發,如果用動態規劃結合熵權模型,我們可以設計一個自適應閾值。簡單來說,不是固定一個長度或複雜度閾值,而是讓算法根據局部序列特徵動態決定哪些區域需要被重點對待,哪些可以相對寬鬆。”

他迅速勾勒出一個簡單的算法框架:“比如這裏,我們可以引入一個基於局部信息熵的權重函數。在序列高度變化的區域,降低嚴格比對的權重,允許更多的空位插入;而在相對保守的區域,則提高權重,確保核心功能模塊對齊的精確性。”

秦語眼睛一亮:“這相當於給算法加了一個注意力機制,讓它知道該在哪裏聚焦?”

“可以這麼理解。”陳浩然點頭,“不過實現起來,需要在動態規劃的核心遞推公式裏嵌入一個權重調整項。這就需要師弟的幫助了,畢竟論文是你寫的,其中的一些思路,還是你最清楚。”

“那就試試吧!”胡彪苦笑道。

話都說到這個份上了,想要推辭也不可能了。

接下來的幾個小時,陳浩然幫他配置好了計算環境,秦語提供了數據訪問路徑和元數據說明,周明遠則協調了服務器資源的優先級。

胡彪算是真正見識了一個真正的生物實驗室的工作流程。

不管怎麼說,收穫還是很大的。

下午,就在他與陳浩然討論算法的時候,手機震動起來,他瞥了一眼屏幕,是林晚晴。

“抱歉,我接個電話。”他走到實驗室外的走廊。

電話剛一接通,林晚晴帶着委屈和怒意的聲音就傳了過來:“胡彪!你現在在哪?我可被你害慘了!”

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